Khát quát nội dung

Tiếp theo của Gundam Seed, vào CE73 thuộc Cosmic Era, 2 năm sau khi cuộc chiến đẫm máu giữa Trái Đất và PLANT kết thúc, mọi chuyện tưởng chừng như đã có một kết thúc bình yên. Nhưng cuộc chiến giữa PLANT với Blue Cosmos vẫn chưa dừng lại ở đó.

Trong buổi tọa đàm giữa người đứng đầu PLANT là Gilbert Dullindal và Cagalli Yula Attha - đại diện của ORB, một nhóm không rõ tên tuổi đã tấn công vào một địa điểm của ZAFT và cướp đi 3 mẫu Gundam mới của ZAFT. Shinn Asuka và Athrun Zala (với tên giả hiện nay là Alex Dino) đã cùng với tàu Minerva đuổi theo và giao chiến với 3 mẫu Gundam này. Nhưng vào lúc đó, tàu Minerva đã phải quay lại căn cứ của ZAFT vì PLANT đã nhận được thông tin về một thảm họa lớn hơn sắp diễn ra.